Neústupný talentovaný solitér to měl těžké za všech režimů. Ten komunistický se ho pokoušel zničit: Zavíral jeho výstavy. Znemožnil mu postupně tvorbu, zakázal prodeje, deptal ho. Nikdy však neuspěl. Jiří Kovařík přátelům: „Nikdy nebudu na kolenou.“ Polistopadový režim po něj neměl práci a snahu aktivně přispět k občanské společnosti vnímal jako obtěžující kverulantství.
Přátelé se za totality občas divili, proč Kovařík neustále přemalovává své krásné obrazy, ale nikdy je nenapadlo, že v těchto těžkých obdobích prostě jen neměl na nová plátna. Oporou mu byla zejména jeho obětavá manželka, díky jejímuž příjmu komunistický režim nemohl malíři „přišít“ příživnictví. Jiří Kovařík se mohl dál věnovat své čarovně půvabné tvorbě ve stylu magického realismu. V Plzni lze ve veřejném prostoru z jeho děl obdivovat třeba tematickou nástropní malbu v někdejší vinárně Zlatý pohár v Rooseveltově 12, torzo rozměrné mozaiky Džungle v bývalé restauraci Bohemia, zrestaurované nástěnné malby Jadran a Bakchanálie v bývalé vinárně Jadran, mozaiku Geometr ve vstupní hale katastrálního úřadu, skvostnou obnovenou dvojici nástěnných maleb Život s knihou, repliky dvou maleb na plech: Cyrila a Metoděje v kapličce vedle Špejcharu při kraji ulice Pod Všemi svatými nebo méně známou malbu na zdi „malou Džungli“ v lesovně uvnitř arboreta Sofronka či fotokopie několika obrazů ze Španělského cyklu v restaurantu El Cid. Bohužel byly zničeny například unikátní Dionýsie ve studentském klubu Studna, vytvořené roku 1968 a zničené během následujících let, protože Kovaříkovo jméno za normalizace vadilo.
Umělci se podařilo dočasně získat zakázky v jiných regionech: vytvořil skleněnou vitráž ve vstupní hale berounského nádraží nebo nádraží v Mariánských Lázních (zničeno po roce 1989), v Písku několik dalších v jižních Čechách.
Do dějin divadelnictví se Jiří Kovařík zapsal spoluprací s Ladislavem Smočkem vytvořením kostýmů a výpravy k divadelní hře Piknik (v samých počátcích Činoherního klubu), která byla rovněž zfilmována. Kovařík připravil i výpravu k tomuto na svou dobu v socialistickém Československu kurioznímu filmu, jehož děj se odehrává za druhé světové války v Tichomoří a hrdiny jsou američtí vojáci.
K nejvýznamnějším a nejviditelnějším z Kovaříkových děl patří unikátní památník Díky, Ameriko! připomínající osvobození západních Čech americkou armádou, který je také významným turistickým cílem pro návštěvníky z USA. Na realizaci se podílel kolektiv autorů, kteří potvrzují, že při realizaci nezměnili na Kovaříkových návrzích ani čárku.
Akademický malíř Jiří Kovařík prožil většinu svého života v Plzni, kde se narodil 13. října 1932. Zemřel předčasně za nevyjasněných okolností 27. října 1994, při vystupování z tramvaje spadl pod projíždějící automobil. Strčil někdo do nepohodlné osobnosti, neustále upozorňující na nejrůznější nešvary, nebo šlo o nešťastnou náhodu? To už se nejspíš nedozvíme. Umělec byl pohřben v rodinném hrobě na malém hřbitově v Plzni – Bolevci. Hrob zdobí plastika hlavy Krista s trnovou korunou na skráních, kterou vytvořila Kovaříkova sestra Jindra. Právě téma Krista silně zajímalo malíře zejména v závěru života, kdy vytvořil na toto téma několik obrazů.
Při příležitosti nedožitých devadesátin umělce je v plzeňském Novém divadle symbolicky vystaveno 90 obrazů Jiřího Kovaříka, pokrývajících celé jeho tvůrčí období. Výstavu připravil kurátor Michael Zachař ve spolupráci s rodinnými příslušníky a Divadlem J. K. Tyla. Otevřena bude do konce letošního roku.
O životě Jiřího Kovaříka vypráví film Nikdy na kolenou dostupný na YouTube.
