Zhoršenou jakost vody má podle posledních dostupných informací v Plzeňském kraji biotop v Blovicích na jižním Plzeňsku a jezírko Košutka v Plzni. U obou uvádí Krajská hygienická stanice v Plzni, která kvalitu vody u vybraných koupališť průběžně sleduje, třetí stupeň z pětibodové škály kvůli zhoršeným mikrobiologickým ukazatelům. Naopak v biotopu v Dobřanech se kvalita vody zlepšila z třetího na první stupeň, informují hygienici. Ostatní koupaliště mají vodu dobrou. Na žádném ze sledovaných koupališť v kraji není podle hygieniků voda ke koupání nevhodná nebo nebezpečná.
Stále dobrou kvalitu vody má podle jejich měření přehrada Hracholusky u hráze, v oblasti Radost je kvalita vody na druhém stupni kvůli většímu množství chlorofylu. Pro plavce by to ale nemělo představovat zdravotní riziko.
V Plzni má soustava boleveckých rybníků dobrou kvalitu vody, pouze v Seneckém a v Šídlovském rybníku se snížila její průhlednost. Teplota vody se v rybnících pohybuje kolem 22 stupňů. Dobrou kvalitu vodu mají také koupaliště Babylon, Kdyně a lom Starý Klíčov na Domažlicku.