Díky stavbě se v Pačejově nahradí stávající úrovňové nástupiště novými s normovou výškou nástupní hrany 550 mm nad temenem kolejnice. Navrženo je zde jedno vnější a jedno jednostranné nástupiště, obě budou dlouhá 120 m. Mimoúrovňový přístup bude nově vybudovaným podchodem, handicapované osoby budou moci využít šikmý chodník, který doplní schodiště na nástupiště. Nové přístupové komunikace budou osazeny orientačním systémem pro cestující. Zastřešení získají výstupy z podchodu včetně čekací plochy ve stanici Pačejov.
V rámci prací se také uskuteční rekonstrukce kolejových rozvětvení na obou koncích stanice. Na rozhodující výhybky se nainstaluje elektrický ohřev. Stávající zabezpečovací a sdělovací zařízení nahradí elektronické stavědlo 3. kategorie umožňující dálkové řízení provozu. Průjezd po hlavních kolejích se tak ve výsledku zvýší na 100 km/h.
Součástí projektu je i rekonstrukce dvou nástupišť a přístřešku na zastávce Kovčín a oprava dvou železničních mostů a devíti propustků. U dvou silničních nadjezdů budou instalovány nové ochranné sítě. Stavědla č. 1 a 2 a tři zděné sklady budou zdemolovány. Stávající výpravní budova v Pačejově projde úpravou pro umístění technologických zařízení. Na základě změn polohy kolejí se upraví trakční vedení.
Celkové investiční náklady akce činí1,151 miliardy korun. Projekt spolufinancuje EU, její příspěvek může dosáhnout až 809 milionů korun.
