Rtuť se dlouhodobě dostává i do rybího masa, kde je její koncentrace vůbec nejvyšší v rámci ČR. Rtuť negativním způsobem ovlivňuje trávicí, nervový a imunitní systém člověka a je velmi nebezpečná pro správný vývoj dětí. Hlavním rizikem rtuti je její kumulace v potravním řetězci. S vyšším stupněm potravního řetězce se běžně setkáváme i s vyšší koncentrací rtuti, což představuje největší problém především při konzumaci dravých druhů ryb, které jsou v potravním žebříčku nejvýše a v jejichž mase jsou mnohonásobně překračovány povolené limity, tedy 0,5mg (u štiky a úhoře 1mg) rtuti na 1kg rybí svaloviny.
Hlavním zdrojem rtuti ve VD Skalka byl chemický závod v německém městě Marktredwitz, kde se v letech 1788–1985 vyráběly organické a anorganické sloučeniny rtuti. Během téměř 200 let dlouhé historie chemičky docházelo k úkapům rtuti do podloží a postupné kontaminaci podloží v okolí areálu závodu. Rtuť znečišťovala také říčku Kössein, do které byla zaústěna dešťová kanalizace. Kössein je hlavním přítokem řeky Reslavy a následně i Ohře. V roce 1996 byl realizován projekt sanace kontaminovaných zemin v továrně a jejím okolí, rtuť nicméně zůstala v sedimentech zmíněných toků a stále se tak dostává do nádrže. Poslední průzkumy ukazují, že se do nádrže ročně dostane společně se sedimenty přibližně 400kg rtuti.
Státní podnik Povodí Ohře společně s Výzkumným ústavem vodohospodářským TGM provádí pravidelný monitoring zatížení nádrže rtutí včetně svaloviny ryb, kdy jsou pomocí elektrického agregátu každoročně odloveny tři druhy dravých (nejčastěji bolen, štika, okoun) a tři druhy nedravých (plotice, cejn, cejnek) druhů ryb. Orientační výsledky těchto monitoringů jsou dostupné na webových stránkách Povodí Ohře, státní podnik, zároveň jsou veřejnosti představovány v rámci seminářů. Z dostupných informací je nicméně patrné, že je nádrž Skalka zatížena obrovským množstvím jedovaté rtuti, která se kumuluje v potravním řetězci, především pak v dravých rybách; viz graf s hodnotami rtuti na VD Skalka v roce 2007. Vzhledem k tomu, že u bolena dravého byl v tomto roce hygienický limit překročen více než 7x, je rozhodně vhodné velmi pečlivě zvážit případnou konzumaci ryb z této jinak krásné přehrady.