Za druhé světové války byl Kirkham příslušníkem bombardovacího letectva. Jeho bratr poručík Virgil Paul Kirkham byl stíhacím pilotem, zahynul 30. dubna 1945 v Zadní hoře mezi Trhanovem a Újezdem na Chodsku, kde havaroval se svým Thunderboltem P-47D. Zahynul jako poslední americký letec nad Evropou.
Životní cestu Mariona Kirkhama (1922–2021) ovlivnila válka. Po dokončení studia na Corbett High School a krátkém pobytu na Aljašce očekával každým dnem povolávací rozkaz. V té době již naplno zuřila válka a on předpokládal, že jako řada jiných mladých mužů bude odeslán na frontu. Ve stejné době se dozvěděl o programu, jehož cílem bylo vyškolit dostatečné množství leteckých instruktorů, kteří by pomáhali cvičit nové armádní letce. Protože ho létání přitahovalo, přihlásil se na Lewiston State Normal School ve státě Idaho. Po dokončení základního a rozšířeného výcviku program ukončil a vrátil se domů, kde očekával povolávací rozkaz. Do armády vstoupil v srpnu 1943. Prodělal základní vojenský výcvik v Kernu ve státě Utah. Čekal ho zde tvrdý výcvik a příprava na nelehký život v poli. Díky předchozímu výcviku ho armádní letectvo zařadilo do tzv. „Air Cadet“ programu, což byl projekt s cílem získat co nejvíce budoucích letců. Následovalo další studium a v srpnu 1945 obdržel Marion na letišti Luke Field nedaleko Phoenixu ve státě Arizona pilotní křídla. Demobilizoval v říjnu 1945. Do civilu šel s pochvalou od svých velitelů, kteří oceňovali jeho službu i zájem o létání.
